Effektiv drift af landets uddannelsesinstitutioner er med til at skabe de mest optimale rammer for uddannelsesaktiviteterne.
Styrelsen har det samlede ansvar for tilskudsforvaltningen på ministeriets område og udbetaler årligt ca. 39 mia. kr.
Sager om oprettelse af frie grundskoler og afdelinger heraf, private institutioner for gymnasiale uddannelser og afdelinger heraf samt efterskoler og frie fagskoler.
Styrelsen varetager Undervisningsministeriets administration på flere områder.
Styrelsen arbejder løbende med at udvikle styringsredskaber til brug for bestyrelserne og ledelserne på de selvejende institutioner.